紅眼睛除了可能是結膜炎，也可能是自體免疫系統失調引起的虹彩炎。虹彩炎也會眼睛紅、痛、怕光，跟急性結膜炎相似，故要小心區別。急性結膜炎是眼睛表面發炎，而虹彩炎是眼球內發炎，故虹彩炎多半不會有很多眼屎，而容易有眼睛脹痛及視力模糊。虹彩炎的治療，一般要併用類固醇和散瞳劑。若發作時未及時治療易造成眼內構造沾粘而產生白內障與青光眼等併發症。 有的虹彩炎患者併有僵直性脊椎炎，而有長期腰酸背痛的毛病，這就需要請過敏免疫風濕科的醫師診治。有的則在勞累時較易發作，平常應注意身體狀況和保養。
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